Разъяснение по данному вопросу Минфин России привел в письме от 25.07.2012 № 03-07-13/01-43. В нем сказано, что согласно подпунктам «к» и «л» пункта 2 Правил заполнения счета-фактуры, применяемого при расчетах по налогу на добавленную стоимость (утв. Постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137) в графах 10 и 11 счетов-фактур указываются страна происхождения товаров и номер таможенной декларации. При этом данные графы заполняются в отношении товаров, страной происхождения которых не является Российская Федерация.
Поэтому в счетах-фактурах, выставленных при реализации этих товаров на территории Российской Федерации, в графе 10 «Страна происхождения» отражается страна происхождения товаров, указанная в таможенной декларации, а в графе 11 «Номер таможенной декларации» - номер этой таможенной декларации.
При ввозе товаров на территорию Российской Федерации с территории Таможенного союза таможенная декларация не оформляется, в счетах-фактурах, выставляемых при реализации на территории Российской Федерации товаров, ввезенных с территории Республики Беларусь, в графах 10 и 11 следует проставлять прочерк.
Cпециалисты Минфина России отмечает, что указание в счетах-фактурах дополнительной информации нормами Налогового кодекса РФ не запрещено. Поэтому в случае отражения в счете-фактуре при реализации на территории РФ товаров, произведенных на территории Республики Беларусь и ввезенных из этого государства в РФ, в графе 10 счета-фактуры наименования страны происхождения товаров «Республика Беларусь» или «Таможенный союз» оснований для отказа в принятии к вычету сумм НДС по такому счету-фактуре, предъявленному покупателю, не имеется.