Минфин России разъяснил в письме от 09.08.2012 № 03-07-08/244: при экспорте товаров, по которым выявлены потери при транспортировке, нулевая ставка НДС применяется в отношении стоимости товаров, фактически вывезенных с территории РФ в таможенной процедуре экспорта, в количестве, отраженном в таможенной декларации. Суммы НДС, относящиеся к потерям при транспортировке товарно-материальных ценностей, принимаются к вычету в пределах норм естественной убыли.
Что касается услуг по транспортировке экспортируемых товаров, то по таким услугам нулевая ставка НДС применяется в случаях, предусмотренных пунктом 1 статьи 164 НК РФ, при представлении в налоговые органы соответствующих документов, установленных статьей 165 НК РФ.
При этом применение нулевой ставки в зависимости от наличия или отсутствия потерь товаров в процессе транспортировки нормами Налогового кодекса РФ не предусмотрено.